按照现代学者的历史观来讲，明朝共有十六位皇帝，实际上直到崇祯帝在煤山上自缢身亡之际，明朝太庙里只摆放着十三位皇帝的画像，抛却了或离奇失踪、或自焚身亡的建文帝朱允炆，仓促继位和代兄监国的景泰帝朱祁钰。建文帝的帝号直至1645年，才被南明王朝的弘光帝恢复承认，在长达二百多年的明史中，建文帝始终是后世皇帝心知肚明却格外避讳的名号，只因他们是明成祖朱棣一脉。
说建文帝不是皇帝吧，人家是明太祖朱元璋亲自册立的皇太孙，的确属于合法皇帝，说他是皇帝吧，老祖宗朱棣又成了谋反逆贼，自己岂不是逆贼的后裔？为保证明朝皇帝的合法性，他们对只能称呼建文帝及子孙为建庶人，不但明十三陵里没有建文帝一席之位，就连座衣冠冢都没有修建。建文帝的长子朱文奎消失在靖难之役的火光下，至于到底是被朱棣杀害了，还是和建文帝一同下落不明了，我们不得而知。
《明史》记载：“燕师入，七岁矣，莫知所终。”建文帝的次子朱文圭则被明成祖朱棣下令囚禁在安徽凤阳，等到明英宗时期才想起释放出来，这时的朱文圭由于常年未经人事，言行已经如同痴呆。明成祖朱棣在位期间，十分注重监督文人的笔杆子，这一时期有关建文帝的记载含糊不清，文史方面的严苛，让那些史官昧着良心在《太宗实录》里美化朱棣，表示建文帝在燕军破城后悔恨叹息，愧疚难当地说：“我有何面目见叔父呢？”
说罢建文帝闭门自焚，燕王朱棣远远地望见宫门一片火光，急忙派手下扑灭火灾，只发现一具烧的面目全非的尸体，于是伏尸痛哭：“我只是前来帮助你铲除奸臣，你何必自寻死路呢？”说归说，哭归哭，朱棣怀着一片苍凉和悲戚，在众臣的推搡下登上皇位，下令对建文帝实行国葬待遇，随后将建文帝的年号废除，并为洪武三十五年。从此之后，建文帝就成了明朝皇帝不敢言说的帝王，朱棣也不忘四处派人寻找侄子，时任户科都给事中的胡濙自1407年开始，四处暗访建文帝的踪迹，直到1423年专程赶到朱棣所在的宣府奏报，才算完成他的使命。
据《明史》的《胡濙传》记载：“帝已就寝，闻濙至，急起召入。濙悉以所闻对，漏下四鼓乃出。先濙未至，传言建文帝蹈海去，帝分遣内臣郑和数辈浮海下西洋，至是疑始释。”到底胡濙有没有找到建文帝？除在场的朱棣和胡濙之外，恐怕也就只有老天才知道了，因此建文帝的下落始终是个历史未解之谜。有人认为建文帝在城破之日自焚身亡，有人认为建文帝削发为僧，只因在明代沈德符撰写的《万历野获编》里，曾有一段万历帝和张居正关于建文帝下落的对话，首辅张居正认为建文帝最终剃发为僧了。可这毕竟是靖难之役发生一百多年后的事情，再加上当时史官对建文帝一事，或讳莫如深，或闭口不谈，民间传言四起，真相已经无从查找。
当然朱棣也没有把事情做绝，他依然在族谱上保留了朱允炆的名字，在他为明太祖朱元璋刻立的神功圣德石碑上，朱元璋的孙子辈里，第一个赫然写着建文君允炆，其次才是当朝皇太子朱高炽。虽然在明武宗时期，就有大臣上书要求恢复建文帝的帝号，但后世子孙没一人敢破朱棣的戒，事情也就不了了之了。明朝灭亡后，南明的弘光帝朱由崧下令恢复朱允炆帝号，清朝统治者为证明合法性，效仿明太祖朱元璋尊元一事，广告天下尊明为正统，继承明朝衣钵，乾隆帝特意给建文帝上庙号为惠宗。
第二位被忽略不计的明朝皇帝是明代宗朱祁钰，也就是我们常说的景泰帝，作为国难之际被扶持上位的皇帝，朱祁钰的命运就像一块面团，万般揉捏之后，还被人丢进了垃圾桶。1449年，明英宗在土木堡被蒙古的瓦剌部首领也先俘虏，数十万精锐明军全军覆没，剩下的守军多是老弱，眼见明朝就要步宋朝的后尘，重刷第二次靖康之耻，“粉身碎骨浑不怕，要留清白在人间”的于谦登上了历史舞台。在我们的刻板印象里，宋朝大臣士子文人多过粗野武夫，主和派多过主战派，明朝亦不例外，都说明朝无奸臣，实际上还是明朝统治者的原因，他们要比宋朝统治者勇敢果断一些。前车之鉴不忘后事之师，靖康之耻是中原王朝最为屈辱的一页，这一点明朝臣子都懂，但也不妨碍有大臣提出迁都一事，想着法地想要跑到南京苟延残喘。
这时明英宗留下的皇太子朱见深年仅两岁，明朝处于主少国疑的状态，于谦当机立断地推荐郕王朱祁钰继承大统，稳定了慌乱的朝堂局势。突如其来的皇位从天而降，朱祁钰也深深迷恋上了皇位的魔力，北京保卫战胜利后，瓦剌也先渴望重新通好，于是提出将明英宗送归京城的请求。毕竟是做过十四年皇帝的人，明英宗在朝堂还是有一定的势力基础，就连朱祁钰倚靠的于谦都主张迎回太上皇，因此朱祁钰只能不情愿地接回了哥哥朱祁镇，但也随即将太上皇软禁在了西苑内。
1457年，卧病在床的朱祁钰预感大限将至，且朱祁钰册立的皇太子朱见济四年前就已夭折，蠢蠢欲动的大臣准备拥立太上皇朱祁镇复位。同年，在大臣石亨、徐有贞的领头下，明英宗成功复位，并在一个月后废黜了朱祁钰的帝号，不久后朱祁钰带着无限遗憾离世，忿忿不平的朱祁镇下令赐给了朱祁钰一个恶谥，郕戾王。继位的明宪宗朱见深虽然被废黜过太子，但深知叔父有匡扶明室的功绩，在群臣的上奏催促下，重新恢复了叔父的帝号，即我们熟知的明景帝，但朱祁钰的陵墓仍旧没有列入皇陵。
